Poslije pada prijestolnice srpske despotovine Smedereva pod osmansku vlast 1459. godine, formiran je Smederevski sandžak i u njemu je Jagodna bila selo sa trgom u istoimenoj nahiji.
Osmanlije tokom 15. i 16. vijeka na temeljima srušenog srednjevjekovnog seoceta Jagodine, podižu svoju palanku, koju strani putnici u dnevnicima nazivaju Jadunum, Eperis ili Jasince, sve dok se 1568. godine, sudeći po do sada poznatim izvorima nije ustalilo ime Jagodina. U periodu 1553-1557 putnici je nazivaju lijepom kasabom. Cijela dolina Morave je tada bila pod šumom.
Od sredine XVI vijeka stanovnici Jagodine su imali su status derbendžija (čuvara carskih puteva). Jagodina je u vrijeme osmanske vlasti bila značajna trgovačko-zanatska kasaba u kojoj je dominirao islamski živalj, pa je u njoj 1620.godine podignuto i utvrđenje, palanka, koja vjerovatno nije bila dugog vijeka jer Evlija Čelebija biljleži da je zapustjela. Razni putopisci iz XVI vijeka (1553–1557) pominju Jagodinu kao dobro naseljenu i lijepu varoš sa 4 karavan-saraja, 2 džamije, medresom, hamamom, mezulhanom, 4 dana udaljenu od Beograda ako se ide Carigradskim drumom. 
Godine 1660. putopisac Evlija Čelebija navodi da varoš ima 1500 kuća i da cjelokupno stanovništvo čine muslimani.
Nakon velikog austrijsko-osmanskog rata Jagodina je po odredbama Požarevačkog mira iz 1718.ušla u sastav Habzburške monarhije, da bi već 1739. godine, posle novog austrijsko- osmanskog rata ponovo došla pod osmansku vlast.
U borbama od Kočine krajine 1788–1791. pa do kraja Drugog srpskog ustanka 1815. godine, Jagodina je više puta rušena i paljena, a najviše 1813. kada se u njoj, po svjedočenju savremenika, „ni parče drveta nije moglo naći”. Kod Jagodine su se početkom Prvog srpskog ustanka odigrale dvije velike i važne bitke protiv dahije Kučuk Alije i krdžalije Alije Gušanca.
Porta je preko Marašli Ali-paše sklopila primirje s knezom Milošem Obrenovićem 16. avgusta 1815. godine. Po sklapanju mira 1815, Jagodina je do Hatišerifa 1830. bila nahija sa kneževinama Levač i Temnić i sa 140 sela.
Poslije Drugog srpskog ustanka, Jagodina se demografski mijenja, pošto se muslimansko stanovništvo iseljava i tako smanjuje broj gradskih žitelja.
Na prvom popisu 1818. godine, Jagodina je imala 276 domova sa 494 haračkih glava. Poslednja muslimanska porodica iselila se 1832. godine.
Jagodina se razvija kao pogranična varoš (do 1833.) tadašnje Miloševe Srbije. Zahvaljujući tome postaje zanatsko-trgovački centar Jagodinske nahije.
Priča o prelijepoj Dervišbegovoj džamiji
Sredinom XVI vijeka Jagodina postaje timar Derviš-bega Jahjapašiću, sina poznatog Bali-bega, osvajača Beograda 1521. godine. Sa džamijom, hanovima, hamamima, česmama, karavan sarajima i sahat kulom, sve više dobija orjentalni izgled i dobija status-kasabe. Oko 1555. godine u Jagodini podignuta je nova džamija, jedna od najlepših na Balkanu. Sagrađena je od tesanog kamena i opeke. bila je kockastog oblika, dugačka 14m, široka 10 m. U džamiji je sahranjen Derviš-beg 1560. godine i po njemu je ova džamija dobila ime. Ispred džamije se nalazila česma. Džamija Derviš-bega je srušena 1928. godine. Kasnije je sagrađena druga džamija, na ulasku u Jagodinu, oko mjesta današnjeg suda. Ona je bila pokrivena olovom.
Feliks Kanic nam je u svojoj knjizi, “Srbija zemlja i stanovništvo”, ostavio opis jednog muslimanskog spomenika u Jagodini. U vrijeme kada je on video džamiju, ona je bila lijepa građevina sa oksidisanim kvaderima i redovima opeka. On napominje da je džamiju video i baron Fon Bratislav 1591. godine i opisao kao izuzetnu građevinu sa izvanrednim proporcijama i lijepim dekoracijama oko prozora i ulaznih vrata. Predlagao je da, s obzirom da je džamija napuštena, bude pretvorena u kršćanski hram. Mir ove napuštene muslimanske bogomolje narušavale su samo vrane, koje su se nastanile u narušenom minaretu i prozorima. Međutim, na osnovu sporazuma sa Portom, knez Miloš nije smeo dozvoliti rušenje muslimanskih vjerskih objekata, niti njihovo pretvaranje u kršćanske bogomolje. Džamija je srušena 1928. godine, a kamen je upotrebljen za temelje osnovne škole koja je počela da se gradi preko puta Nove crkve. Džamija se nalazila preko puta starog Juhora uz njegovu prugu, a današnji početak buvljaka pored pružnog prijelaza.
Esad Rahić
