Džamija je izgrađena početkom 17-og vijeka. Harem džamije proglašen je nacionalnim spomenikom Bosne i Hercegovine. Srušena je početkom agresije na BiH, 1992. godine, a obnovljena i otvorena 10. augusta 2003. godine.
U Medžlisu Islamske zajednice Bosanska Dubica danas je evidentiran napad na Čaršijsku džamiju u kojem je razbijen prozor i oštećena fasada, prenosi Anadolu Agency (AA).
“Tokom dana smo od džematlija saznali da je razbijen prozor i oštećena fasada na više mjesta na Čaršijskoj džamiji, koju na ljeto planiramo otvoriti. Slučaj smo prijavili nadležnim organima, koji su izvršili uviđaj i kako smo od njih saznali, tokom noći su oštećene klupe u glavnoj ulici”, izjavio je glavni imam Safet ef. Beganović.